Milpa es una palabra de origen náhuatl que quiere decir "campo recién limpado"; es una zona de cultivo dentro de la selva.  En la tradición maya todos los árboles y otros recursos naturales, como el agua, los animales, el viento etc., tienen su dueño. Este dueño, que muchas veces habita en alguna cueva o montaña, debe dar permiso para que los seres humanos puedan hacer uso de sus posesiones y se le debe de tratar con respeto o puede traer desgracias a la comunidad. Por tanto, la apertura de una milpa es acompañada por actividades rituales con el propósito de agradar al dueño de la selva y conseguir su permiso.
Como consecuencia de esta creencia, la milpa se trabaja de tal forma que, después de algunos años de siembra, se inicia un proceso de regeneración de la parcela. La regeneración de la vegetación selvática depende de técnicas precisas, de un conocimiento íntimo del ambiente selvático.
Esta sucesión ecológica controlada resulta en una mayor biodiversidad local, debido a la creación de un mosaico de parcelas en diferentes etapas.

Tanto la milpa como el huerto-jardín contribuyen a la biodiversidad al ser sitios de la creación y conservación de los cultivos nativos, variedades de plantas cultivadas que son el tesoro acumulado por más de 5,000 años de manejo de los recursos botánicos de la región.  No sólo el maíz fue cultivado por los agricultores indígenas de Mesoamérica sino muchas otras más, aparte de las traídas de otras regiones y adaptadas a la selva maya.

Cuando llega la conquista, los mayas y otros grupos de la región habían producido más de 70 cultivos con innumerables variedades. Así que el maíz no es el único cultivo de la milpa sino que se encuentran muchas otras combinaciones de plantas según las condiciones locales.