Predomina el clima tropical húmedo con una temperatura promedio anual entre 22 y 26° centígrados. Dos grandes zonas térmicas dividen la región a lo largo; por un lado, hacia el límite internacional con Guatemala, donde  la temperatura oscila entre los 24 y 26° centígrados y  hacia la sierra, hay una gran zona que tiene temperaturas entre 22 y 24° centígrados con baja oscilación térmica anual y una constante nubosidad.

En la selva lacandona,  las precipitaciones promedio anuales que van desde los 1,000 mm en el sur hasta arriba de los 3000 mm en el  norte, siendo los más importantes por su área de influencia los rangos de 200 a 2500 mm, 1500 a 2000 y 2500 a 3000 mm, respectivamente.

En los lugares de mayor altitud, se localiza el clima semicálido, el más fresco de los cálidos, con temperatura media anual inferior a 22°C, sin descender los 18°C; a este clima se encuentra asociado el bosque de pino-encino.

La estación lluviosa bien definida se presenta en el verano y se extiende hasta parte del otoño (fines de mayo a octubre). Existe también un porcentaje menor de lluvias invernales provocadas por masas de aire frío, provenientes del norte. De especial importancia son las tormentas tropicales que se presentan en los meses de mayo a noviembre, originadas en la zona del caribe occidental (Orellan, 1978).

Referencia

M.A. Vásquez-Sánchez y M.A. Ramos (eds.), Reserva de la Biosfera Montes Azules, selva lacandona: Investigación para su conservación, Publ. Esp. Ecosfera, pp. 396.