En 1970, el tipo de vegetación predominante era en un 80% de selva mediana y alta, con presencia de bosque mesófilo de montaña y algunos manchones de agricultura. Para 1996 el  pastizal inducido y cultivado se extendió en grandes manchones sobre todo en la parte norte de la selva. En la diversificación de uso del suelo y manejo de recursos naturales, las diferencias topográficas y edáficas que se encuentran en los terrenos de los bienes comunales, son las determinantes de la gran diversidad de ecosistemas y ecotonos que la integran.

Agricultores realizando cuidados culturales en una parcela nómada

En la selva lacandona podemos encontrar una extensa gama de subtipos del bosque tropical lluvioso (selvas altas y mediana perennifolias y subperennifolias, selvas bajas y bejucales), además de subtipos de bosque templado (tanto de coníferas como de latifoliadas), así como, superficies importantes de bosques templados (coníferas y latifoliadas), bosques mesófilos de montaña y otros tipos de vegetación.

La vegetación  de las selvas altas (de una altura mayor a 25 m); selvas medianas (de entre 15y 25 m) y bajas (menor de 15 m) están asociadas entre sí; de acuerdo con las características específicas de los suelos, que en general son arcillosos ricos en calcio, magnesio y humus. Son suelos extremadamente frágiles dado sus altos grados de erosión.