En la época contemporánea, la presencia humana ha afectado a la región de manera más directa y ha generado un importante deterioro ambiental, así como la disminución de la calidad de vida de sus pobladores.
La inestabilidad de la región se acelera a partir de finales del siglo XIX. El ferrocarril terminó con grandes extensiones de bosques de coníferas alrededor de Tzintzuntzan y al suroeste de la cuenca. Al norte se da un proceso de erosión de suelos.
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